Tindakan Jepun menyerang lalu menduduki Indonesia pada Perang Dunia Kedua banyak membawa kemusnahan kepada negeri jajahan Indonesia, kerana pihak Jepun menghapuskan sebanyak mana pengaruh Belanda yang boleh lalu menggantinya dengan pentadbiran mereka sendiri. Walaupun jawatan tertinggi dipegang oleh orang Jepun, namun penahanan semua warga Belanda membuka laluan kepada pribumi Indonesia untuk mengisi kebanyakan jawatan kepimpinan dan pentadbiran. Selepas Jepun menyerah kalah pada Ogos 1945, pemimpin nasionalis Sukarno dan Mohammad Hatta lantas mengisytiharkan kemerdekaan Indonesia. Namun, mereka terpaksa berjuang untuk empat tahun setengah lagi kerana pihak Belanda cuba mendirikan semula jajahan mereka di sini. Pendudukan semula angkatan Belanda di Indonesia disusuli perjuangan gerila; sehingga majoriti penduduk Indonesia, dan akhirnya pendapat antarabangsa, menyebelahi kemerdekaan Indonesia. Pada Disember 1949, Belanda secara rasminya memperakui kedaulatan Indonesia.

Walaupun begitu, perjanjian pada tahun 1949 tertinggal Guinea Baru Barat yang kekal di bawah naungan Guinea Baru Belanda. Kerajaan Indonesia pimpinan Sukarno mendesak agar wilayah Guinea Baru Barat diserahkan kepada Indonesia. Dari tahun 1961 hingga 1962 berlakunya pertempuran kecil-kecilan, termasuk pertempuran laut yang singkat pada tahun 1962. Amerika Syarikat mendesak Belanda agar menyerahkan Guinea Baru Barat kepada Indonesia pada bulan Ogos mengikut syarat-syarat yang dirundingkan dalam Perjanjian New York. Pada masa yang sama, kerajaan Australia menukar dasarnya untuk menyokong tuntutan Indonesia di Guinea Baru Barat. Hasilnya, Kerajaan menyerahkan wilayah berkenaan kepada pentadbiran sementara UNTEA pada tahun 1962, yang kemudiannya diambil alih oleh kerajaan Indonesia pada bulan Mei 1963. Kini, wilayah berkenaan kekal sebagai sebahagian negara Indonesia, kini dikenali sebagai Papua Barat (dahulunya Irian Jaya).